Версия официальная: как устроена номенклатура коронавирусов, почему омикрон

Всемирная Организация Здравоохранения собирает экстренное совещание для обсуждения угрозы нового штамма SARS-CoV-2, который совсем недавно был обнаружен в Ботсване и ЮАР, но уже появился в Египте, Израиле и Бельгии. Опять государства одно за другим вводят ограничения на международные сообщения. Ученые пытаются понять, как многочисленные мутации S-белка, характерные для варианта B.1.1.529, повлияют на его вирулентность и на иммунный ответ организма. Но что вообще означает эта комбинация, похожая на код от сейфа?

Благодаря всеобщим усилиям и простоте современного секвенирования (а также удивительной распространенности и изменчивости самого коронавируса) за время пандемии удалось идентифицировать десятки тысяч его разновидностей. Уже к лету 2020 г. их было более 35 тыс., и тогда же британские биологи предложили для SARS-CoV-2 «динамическую» номенклатуру Pango, на основе которой можно давать формальное название каждому новому обнаруженному варианту. Это не единственная номенклатура коронавирусов SARS-CoV-2, однако используется она шире других. Видя такой код, специалист сразу может в общих чертах понять предысторию и особенности очередной разновидности коронавируса.

А и В

Согласно правилам, описанным в журнале Nature Microbiology, первой в названии должна стоять буква латинского алфавита, которая относит вариант к тому или иному «первопредку». Линии А и В были обнаружены еще в Ухане, причем В – аж в декабре 2019 г., А – чуть позже, в январе 2020-го. Однако в геноме варианта А присутствует пара нуклеотидов, которые имеются еще у коронавирусов летучих мышей, а у В их нет. Поэтому можно предположить, что линия А возникла раньше, до того, как произошла мутация в этих двух участках, и лишь по случайности была идентифицирована второй. Именно она и получила первую букву.

Каждый новый вариант, происходящий от материнских линий, снабжается дополнительной цифрой, которая указывается через точку. Новизна определяется обнаружением коронавируса в новом, отдельном географическом регионе и появлением у него хотя бы одного дополнительного важного отличия в геноме. Кроме того, результаты расшифровки вирусной РНК должны быть подтверждены минимум пятью разными пробами. Так, например, мощная волна болезни, накрывшая Италию в начале 2020 г., была связана со штаммом В.1, прямым потомком уханьского В.

Цифры и буквы

Если очередная линия вируса окажется потомком уже известной и удовлетворяет критериям новизны, она получает еще одну цифру. Скажем, В.1.1.7, обнаруженный в Великобритании в конце 2020 г. – шире известный как «альфа-штамм» – потомок B.1 и дальний потомок B. Три числа – максимально допустимый размер кода в системе Pango. Чтобы не удлинять его до бесконечности, линия, которой требуется присвоить уже четвертую цифру, просто меняет букву на следующую. Например, южноафриканский вариант, который мог бы называться B.1.1.1.1, стал просто С.1.

Новый пугающий штамм B.1.1.529 также происходит от линии В – к слову, оказавшейся куда более многочисленной и распространенной, чем А. Сюда же относятся и все знаменитые штаммы – альфа (B.1.1.7), бета (B.1.351), гамма (B.1.1.248), дельта (B.1.617.2), – кроме перешедшей на следующую букву лямбды (C.37). Удобные короткие названия по буквам греческого алфавита получают лишь «варианты, вызывающие озабоченность» (Variants Of Сoncern) у ВОЗ, или хотя бы «вызывающие интерес» (Variants of Interest). Такие штаммы отличаются самым широким распространением и могут стать угрозой в глобальном масштабе.

По счастью, не все озабоченности ВОЗ сбываются, и вирусы линии эпсилон, дзета, эта, тета, йота, каппа, лямбда и мю прошли по миру далеко не в таких масштабах, как дельта, которая бушует сегодня на всех континентах, кроме разве что Антарктиды. Неизвестно, как проявит себя B.1.1.529 – но она уже стала очередной греческой буквой. Следующие по списку ню и кси были пропущены, чтобы избежать двусмысленности: по словам медиков ВОЗ, «ню» слишком напоминает английское new, «новый», а кси (xi) идентичен «распространенной китайской фамилии» (в русском написании Си – которую, напомним, носит нынешний глава КНР Си Цзиньпин). Так что B.1.1.529 перескочил через две ступеньки и стал буквой омикрон.

Про версию конспирологов о смысле названия нового варианта штамма коронавируса читайте здесь